A dinamização Pastoral obedece a uma coordenação através de um grupo de Educadores denominado Núcleo de Interação Pastoral. Neste grupo estão representados os vários ciclos de ensino. Estes elementos reúnem várias vezes durante o ano letivo procurando dinamizar, numa primeira fase os diretores de turma e professores titulares do 1º ciclo, e numa fase posterior os Delegados Pastorais e as várias turmas.
Os tempos litúrgicos do Advento e da Quaresma são programados de forma a integrar o Tema do Ano, através de várias atividades: oferta de tempos de reconciliação com Deus, no Sacramento do Perdão, decoração das salas de aulas, Eucaristias preparadas para toda a Comunidade Educativa, Campanhas de Solidariedade.
Em cada manhã, antes do início do primeiro tempo de aula, cada turma faz uma pequena oração, tendo um guião por base, especialmente redigido para este efeito.
Como criação própria da dinâmica pastoral, os encontros de espiritualidade por ano, são uma marca especial para os alunos do Colégio: Cluny 5, Cluny 6, Cluny 7, Cluny 8, Cluny 9 e Cluny 10, e ainda “(H)Ora com Jesus” para todos os anos e ciclos de ensino.
Para além das atividades de cariz mais interno, é frequente os nossos alunos participarem no Encontro Nacional de Educação Moral e Religiosa Católica, para o 1º ciclo, e no Encontro Inter-Escolas da Diocese de Aveiro.
Desde há muito que o departamento da Pastoral do CNSA promove o projeto «Padrinhos e Afilhados» tendo como principal objetivo a integração e socialização dos alunos do 1ºCiclo e a responsabilização dos alunos mais velhos na transmissão de alguns valores preconizados no Ideário Cluny. Neste projeto, os alunos que frequentam o 12ºano de escolaridade, «apadrinham» os alunos do 1ªciclo desenvolvendo atividades formativas e lúdicas e promovendo a criação de laços de amizade entre as gerações.
No Colégio existe um espaço físico, organizado, coordenado e agilizado pelo Departamento Pastoral, ao qual os alunos podem aceder, livremente, dentro do horário estabelecido, para dialogarem sobre temas relacionados com o seu crescimento emocional e espiritual, sobre o relacionamento interpares ou
simplesmente para serem escutados. Os professores que fazem parte do NIP (Núcleo de Interação Pastoral) estão disponíveis para escutar, aconselhar e acompanhar os jovens que os procurarem. A sala da pastoral é, também, um espaço de organização de atividades e de reuniões do departamento.
